目前，国有、私营、个体等多种所有制形式的交通运输企业共同发展，经营方式呈现多元化。交通运输业的发展在繁荣地方经济的同时，也给税收征管带来了新的课题，原来的条块管理模式已经不适应新形势的发展需求，运输业的税收管理成为税收征管工作的难点。
问题之一，不设置账簿或者虽设置账簿，但账目混乱，成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，无法核实计税依据，造成税源管理失控。从目前的车辆存在形式看，大多数国有、集体运输企业已将车辆以承包、租赁、融资等经营方式交给职工个人经营，企业只是收取管理费、承包费。有的公司以吸收个体车辆挂靠、收取管理费为主营业务，这些公司无法掌握车主的营运、收支状况，税务机关也无法核实公司的计税依据和应纳税额，致使税款大量流失。
问题之二，“以票管税”的作用难显。目前，交通运输业发票由交通与税务部门共同管理，对个体运输基本上采取委托代征的方式，为了争抢税源，交通运管部门在为个体运输户代开发票时，容易出现竞相降低税金、管理费收取标准的问题。另外，代用、转借客运发票等问题也时有发生。运输业发票管理的混乱，不仅造成营业税、城建税及教育费附加的流失，而且还直接危害了增值税的税基。
问题之三，运输企业扣缴义务不明确。运输企业在为个体车、挂靠车提供服务的同时，还代售客运票并代开货运发票，理应成为交通运输业营业税的扣缴义务人，但现行政策对此并没有明确规定。
另外，纳税人法制观念淡薄，自觉纳税意识差和税收管理粗放，征管力量不足也是导致交通运输业漏征、漏管户存在的重要原因。
要从根本上解决问题，最大限度地堵塞交通运输业存在的税收漏洞，笔者认为可以采取以下对策：
加强部门配合，强化代征代缴。社会零散车辆税收征管，单靠税务部门难以管严管好，只有加大部门协调力度，才能形成合力。税务机关要建立车辆登记制度，与公安、交通部门加强联系，区分营运与非营运车辆，并以车主为单位建立台账和档案。对社会零散车辆及单位对外承包、营运车辆不能集中缴纳的，实行按定额代征代缴税款。
以票控税，严格发票管理。对从事货运的个体运输户原则上不供发票，如有需要，需持相关证件到当地税务机关代开；对货运公司及从事客运的纳税人，要建立发票发售账簿，税务机关应根据业务量实行限量供应，建立发票领、用、存登记，并将其开票金额与核定税款进行核对，并就其超过部分补缴税款。
加强对代征单位的管理。一是要求代征单位必须建立“单车售票台账”，加强对发票的管理；二是不按规定代征税款的，应按有关规定严肃处理。如果代征部门不予配合，应从代征部门收回代征权。
